Академия являлась базовым научным центром Комитета Государственной Думы РФ по безопасности для научного обеспечения законодательной работы в сфере экономической безопасности. Научный центр исследования проблем в сфере экономической безопасности МАЭП осуществлял научные исследования в сфере экономической безопасности, организацию и координацию работы Академии с Комитетом по безопасности Государственной Думы.
Основные направления деятельности Центра:
оказание помощи Комитету по безопасности Государственной Думы в подготовке и издании материалов к парламентским слушаниям;
выполнение научных исследований в сфере экономической безопасности самостоятельно и во взаимодействии с другими структурными подразделениями Академии и внешними организациями;
рецензирование и научное сопровождение законопроектов, поступающих из Комитета по безопасности Государственной Думы;
организация производственной практики студентов Академии в Комитете по безопасности Государственной Думы и др.